effets d’une infection et d’une vaccination antérieures sur les infections symptomatiques à Omicron | NEJM

Population étudiée et sources de données

L’étude a été menée auprès de la population résidente du Qatar. Nous avons analysé les informations des bases de données nationales fédérées concernant la vaccination contre le Covid-19, les tests de laboratoire, les hospitalisations et les décès. Ces données ont été extraites de la plateforme nationale intégrée d’information numérique sur la santé. Les bases de données comprenaient toutes les données liées au SRAS-CoV-2 et les informations démographiques associées depuis le début de la pandémie. Ces bases de données incluent, sans aucune information manquante, les résultats de tous les tests de réaction en chaîne par polymérase (PCR) et, plus récemment, les tests rapides d’antigènes effectués dans les établissements de santé le 5 janvier 2022 ou après cette date.

Tous les tests PCR (mais pas les tests antigéniques rapides) effectués au Qatar sont classés en fonction des symptômes et de la raison du test. De tous les tests PCR effectués au cours de cette étude, 19,2% ont été effectués en raison de symptômes cliniques. Le Qatar a une population inhabituellement jeune et diversifiée – seulement 9% de ses habitants ont 50 ans ou plus et 89% sont des expatriés de plus de 150 pays.^dix Le Qatar a lancé son programme de vaccination contre le Covid-19 en décembre 2020 avec les vaccins BNT162b2 et ARNm-1273.¹¹ D’autres descriptions de la population étudiée et des bases de données nationales ont été rapportées précédemment.^4,10-15

Étudier le design

L’étude a évalué l’efficacité d’une infection antérieure, la vaccination avec BNT162b2 ou ARNm-1273 et l’immunité hybride (infection antérieure et vaccination) contre une infection symptomatique par BA.1, BA.2 et toute infection omicron.^2,15-18 Nous avons utilisé une conception cas-témoins à test négatif, dans laquelle les estimations d’efficacité ont été dérivées en comparant les probabilités d’infection ou de vaccination antérieures ou les deux parmi les participants au cas (personnes avec un test PCR positif) avec celles des témoins (personnes PCR négatives) .^2,15-18 Nous avons également évalué l’efficacité contre tout cas grave, critique ou mortel de Covid-19.

Pour estimer l’efficacité contre l’infection symptomatique, nous avons exactement apparié les cas et les témoins qui ont été identifiés du 23 décembre 2021 au 21 février 2022. Les participants aux cas et les témoins ont été appariés dans un rapport 1: 1 selon le sexe, groupe d’âge de 10 ans , nationalité et semaine calendaire du test PCR. L’appariement a été effectué pour contrôler les différences connues dans le risque d’exposition au SRAS-CoV-2 au Qatar.^10,19,20 Il a déjà été démontré que l’appariement en fonction de ces facteurs fournit un contrôle adéquat des différences de risque d’exposition au SRAS-CoV-2 dans des études de conceptions différentes, qui impliquaient toutes des groupes témoins, tels que des études cas-témoins à test négatif.^{11,12,15,21,22} Pour évaluer l’efficacité contre tout cas grave, critique ou mortel de Covid-19, nous avons utilisé un rapport d’appariement de 1: 5 pour améliorer la précision statistique des estimations.

Seul le premier test positif à la PCR qui a été identifié pour un participant individuel au cours de la période d’étude a été inclus, mais tous les tests négatifs à la PCR ont été inclus. Les témoins comprenaient des personnes sans enregistrement d’un test PCR positif pendant la période d’étude. Seuls les tests PCR effectués en raison de symptômes cliniques ont été utilisés dans les analyses.

La réinfection par le SRAS-CoV-2 est classiquement définie comme une infection documentée qui survient au moins 90 jours après une infection antérieure, afin d’éviter une classification erronée d’une positivité PCR prolongée comme une réinfection si un intervalle de temps plus court est utilisé.^2,23 Une infection antérieure a donc été définie comme un test PCR positif survenu au moins 90 jours avant le test PCR utilisé dans l’étude. Les tests pour les personnes qui avaient des tests PCR positifs survenus dans les 90 jours précédant le test PCR utilisé dans l’étude ont été exclus. En conséquence, les infections précédentes dans cette étude ont été considérées comme étant dues à des variantes autres que l’omicron, car elles se sont produites avant la vague d’omicron au Qatar.^2-4

Les tests PCR pour les personnes ayant reçu des vaccins autres que le BNT162b2 ou l’ARNm-1273 et les tests pour les personnes ayant reçu des vaccins mixtes ont été exclus des analyses. Les tests survenus dans les 14 jours après une deuxième dose ou 7 jours après une troisième dose de vaccin ont été exclus. Ces critères d’inclusion et d’exclusion ont été mis en œuvre pour permettre le développement de l’immunité après la vaccination^4,14 et pour minimiser les différents types de biais potentiels, comme indiqué par des analyses antérieures dans la même population.^12,22 Chaque contrôle qui répondait aux critères d’inclusion et qui pouvait être apparié à un cas a été inclus dans les analyses.

Nous avons comparé cinq groupes avec le groupe qui n’avait pas d’infection antérieure et pas de vaccination. Les cinq groupes ont été caractérisés par le type d’exposition : infection antérieure et absence de vaccination, vaccination à deux doses et absence d’infection antérieure, vaccination à deux doses et infection antérieure, vaccination à trois doses et absence d’infection antérieure, et vaccination à trois doses et infection antérieure. . Les groupes ont été définis sur la base du statut des événements immunologiques antérieurs (infection ou vaccination antérieure) au moment du test PCR.

Classification des graves,⁸ critique,⁸ et fatal⁹ Les cas de Covid-19 ont suivi les directives de l’Organisation mondiale de la santé et des évaluations ont été effectuées par du personnel médical formé à l’aide d’examens de dossiers individuels dans le cadre d’un protocole national appliqué aux patients hospitalisés atteints de Covid-19. Les détails concernant la gravité, la criticité et la classification des décès de Covid-19 sont fournis dans la section S1 de l’annexe supplémentaire.

Méthodes de laboratoire et détermination des sous-variantes

La grande vague omicron au Qatar a commencé le 19 décembre 2021 et a culminé à la mi-janvier 2022.^2-4 Un total de 315 échantillons aléatoires positifs au SRAS-CoV-2 prélevés du 19 décembre 2021 au 22 janvier 2022 ont subi un séquençage du génome viral entier sur un dispositif de séquençage GridION (Nanopore Technologies). Parmi ces échantillons, 300 (95,2 %) ont été confirmés comme étant des infections omicron et 15 (4,8 %) comme étant delta (ou B.1.617.2)¹ infections.^2-4 Sur les 286 infections à omicron avec un statut de sous-variant confirmé, 68 (23,8 %) étaient BA.1 et 218 (76,2 %) étaient BA.2.

Nous avons utilisé le kit TaqPath COVID-19 Combo (Thermo Fisher Scientific), qui teste le gène spike (S) du SARS-CoV-2 et la mutation 69-70del du gène S,²⁴ pour identifier les infections BA.1 et BA.2. Une défaillance cible du gène S a été utilisée comme proxy pour l’infection BA.1, et une défaillance cible non-gène S a été utilisée comme proxy pour l’infection BA.2. Des détails supplémentaires concernant les méthodes de laboratoire pour les tests de transcriptase inverse-PCR quantitative en temps réel sont fournis dans la section S2.

Surveillance

Cette étude rétrospective a été approuvée par les comités d’examen institutionnels de Hamad Medical Corporation et de Weill Cornell Medicine–Qatar, avec une dispense de consentement éclairé. Le rapport de cette étude suit les lignes directrices sur le renforcement du rapport des études observationnelles en épidémiologie (tableau S1). Les bailleurs de fonds de l’étude n’ont joué aucun rôle dans la conception de l’étude, la collecte des données, l’analyse des données, l’interprétation des données ou la rédaction du manuscrit. Tous les auteurs ont contribué à la collecte et à l’acquisition des données, à la discussion et à l’interprétation des résultats, ainsi qu’à la rédaction du manuscrit. Tous les auteurs ont lu et approuvé le manuscrit final.

Analyses statistiques

Bien que tous les enregistrements des tests PCR aient été examinés pour la sélection des cas et des témoins, seuls les échantillons appariés ont été analysés. Les cas et les témoins ont été décrits à l’aide de distributions de fréquence et de mesures de tendance centrale et comparés à l’utilisation de différences moyennes standardisées. La différence moyenne standardisée a été définie comme la différence entre la valeur moyenne d’une covariable dans un groupe et la valeur moyenne correspondante d’une covariable dans l’autre groupe, divisée par l’écart type regroupé, les valeurs inférieures à 0,1 indiquant une correspondance adéquate.²⁵

Les rapports de cotes, qui comparaient la probabilité d’une infection ou d’une vaccination antérieure ou les deux parmi les cas avec celle parmi les témoins, et les intervalles de confiance à 95 % associés ont été dérivés à l’aide de la régression logistique conditionnelle. Cette approche analytique, qui intègre également l’appariement en fonction de la semaine calendaire du test PCR, minimise les biais potentiels dus à la variation de la phase épidémique^16,26 et le déploiement de la vaccination pendant la période d’étude.^16,26 Les intervalles de confiance n’ont pas été ajustés en fonction de la multiplicité et ne doivent donc pas être utilisés pour déduire des différences définitives entre les groupes d’exposition. Les interactions n’ont pas été étudiées. L’efficacité et les intervalles de confiance à 95 % associés ont été calculés comme étant 1 moins le rapport de cotes de l’infection ou de la vaccination antérieure, ou les deux, parmi les cas par rapport aux témoins.^16,17 Le groupe de référence pour toutes les estimations comprenait des personnes sans infection antérieure et sans vaccination.

Une analyse supplémentaire a été menée pour étudier les effets d’une infection antérieure, d’une vaccination à deux doses et d’une vaccination à trois doses en fonction du temps écoulé depuis l’événement immunologique (infection ou vaccination antérieure). Cette analyse a utilisé la même approche que l’analyse primaire, mais avec une stratification en fonction du temps écoulé depuis l’événement immunologique le plus récent.

Une personne était considérée comme ayant eu un test positif antérieur si ce test était positif par test PCR. Une analyse de sensibilité de l’efficacité contre toute infection symptomatique à l’omicron a été réalisée, mais les tests positifs antérieurs étant basés sur une PCR positive ainsi que sur des tests antigéniques rapides positifs, afin de déterminer si l’exclusion des tests rapides antigéniques positifs aurait pu biaiser nos estimations. Les analyses statistiques ont été réalisées à l’aide du logiciel Stata/SE, version 17.0 (StataCorp).